Dermed blir det ingen kvartfinale mellom verdenseneren og Casper Ruud på onsdag.
For Ruud innebærer nyheten at han får såkalt walkover til semifinalen hvor han møter vinneren av Alexander Zverev og Alex De Minaur, som spilles onsdag.
Djokovic spilte en krevende fem-setter mot Francisco Cerúndolo på mandag, og allerede på pressekonferansen etter kampen gav verdenseneren uttrykk for bekymring.
En MR skanning på tirsdag bekreftet mistanken og påviste brudd i menisken i høyre kne.
Kvartfinalen ville blitt en re-match av fjorårets finale hvor Djokovic slo Ruud 3-0 i sett.
Pengefest
Casper Ruud er nå garantert rundt 7.5 millioner kroner for å ha nådd semifinalen. Verdien av kvartfinalen alene var verdt 2.7 millioner. Vinneren av turneringen få nærmere 28 millioner kroner med dagens kronekurs. Finaletaperen får halvparten.
Tok nye rekorder
Innsatsen i årets French Open var ikke helt bortkastet for Djokovic som med fjerde-runde seieren over Francisco Cerúndolo tok to nye rekorder fra Roger Federer: Flest individuelle Grand Slam seire: 370 og flest GS kvartfinaler: 59.
Ny verdensener
Uten mulighet til å forsvare tittelen i Paris, vil Jannik Sinner for første gang i karrieren bli verdensener på mandag. Det er også første gang i historien at en italiensk herre blir verdensener.